被各國分割統(tǒng)治的中世紀(jì)的神州·日本。在那上空中由八艘船組成的都市艦“武藏”航行著……在遙遠的未來。經(jīng)過了“重奏統(tǒng)合爭亂”，并把聯(lián)繫著人類的命運的“圣譜”作為原本歷史的再現(xiàn)而執(zhí)行的各國。然后，是各式各樣把迷惑與決意藏于胸口，前進開拓著未來的人們。把互相重合的中世紀(jì)世界作為舞臺，學(xué)生們在學(xué)園國家間的抗?fàn)幷缴涎萘耍?..

渡瀨青葉（松岡禎丞 配音）就讀于誠應(yīng)高校，是一名平凡的高中生。青葉擁有著沉著冷靜的性格和強健機敏的體魄，是朋友們眼中可靠的存在。某日，青葉竟然遭到了一架奇異機體的猛烈攻擊，就在這個節(jié)骨眼上，另一架機體即使出現(xiàn)，拯救了青葉。　　救了青葉的是名叫弓原雛（早見沙織 配音）的少女，表面上看來她不過是青葉的同班同學(xué)，可實際上，雛來自于未來，專程為了保護青葉而潛伏在他的身邊。一場意外將青葉和雛帶往了未來世界，...

在暑假結(jié)束後的第一天，一名因為意外而回到過去的大佐基利亞共和國駕駛員，對渡瀬青葉展開了襲擊。弓原雛為了保護渡瀬青葉，也乘上了自己的機體，與敵人展開戰(zhàn)斗。但最后兩人卻因為又一次的意外，來到了未來的世界。在轉(zhuǎn)移過程中，弓原雛只留下了“迪奧正在等你”的訊息，就隨即消失了……...